先天性甲状腺功能减退症（简称先天性甲减）的治疗首选药物是左旋甲状腺素钠（L-thyroxine sodium），这是一种人工合成的甲状腺激素，可以替代体内缺乏的甲状腺激素。治疗的目标是尽快使血清中的促甲状腺激素（TSH）水平恢复正常，并维持正常的生长发育。新生儿一旦确诊为先天性甲减，应立即开始治疗，并定期监测血液中甲状腺激素和TSH的水平，以调整药物剂量至最佳状态。长期规律服药对患儿的智力发展及体格成长至关重要。
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