NADH 和 FADH2 在生物氧化过程中都扮演着重要角色，它们作为电子载体参与能量代谢。但是两者之间存在一些差异：
1. 结构和性质上的区别 NADH（烟酸胺腺嘌呤二核苷酸）和FADH2（黄素腺嘌呤二核苷酸）在分子结构上有所不同。NADH 含有一个烟酰胺基团，而 FADH2 则含有一个黄素基团。这种差异导致了它们对电子的亲和力不同。
2. 产生的途径 NADH 主要通过糖酵解、柠檬酸循环等过程生成；FADH2则主要在β-氧化脂肪酸以及柠檬酸循环中产生。两者分别反映了碳水化合物与脂质代谢的不同方面。
3. 氧化还原电位 不同的电子载体具有不同的氧化还原电位，NAD /NADH对约为 -0.32 V（相对于标准氢电极），而FAD/FADH2 对则接近-0.21V。这表明NADH比FADH2更容易释放电子。
4. 在呼吸链中的位置和作用 NADH 和 FADH2 作为电子供体参与线粒体内膜上的电子传递系统（即呼吸链）。然而，它们进入该系统的入口并不相同：NADH 首先将它的两个电子交给复合物I (NADH脱氢酶)，而FADH2则直接将其电子转移给复合物II (琥珀酸-泛醌氧化还原酶)。由于复合物 I 和 II 位于呼吸链的不同位置，因此从 NADH 或 FADH2 开始的电子传递路径会经过不同的步骤，并且生成ATP的数量也有所差异。

综上所述，尽管NADH和FADH2都是重要的还原当量载体，在生物氧化过程中发挥着相似的作用，但它们在产生途径、化学性质以及参与呼吸链的具体方式等方面存在显著区别。