在药物开发过程中，降低毒副作用是一个非常重要的环节。通过结构优化来减少毒副作用主要涉及以下几个方面：

首先，分子设计阶段是控制药物毒性的关键时期。科学家会根据目标蛋白的三维结构设计小分子化合物，使其能够特异性地与靶点结合而不影响其他生物大分子的功能，从而减少非特异性作用导致的毒性。

其次，通过对已知活性分子进行化学修饰或改造可以改变其物理化学性质如溶解度、亲脂性等，这些性质直接影响药物在体内的吸收、分布、代谢和排泄过程（ADME），进而影响毒副作用的发生。例如，增加化合物的水溶性通常能提高其生物利用度并减少肝脏毒性；降低分子量有助于改善肾脏清除率以防止蓄积中毒。

此外，采用前药策略也是有效手段之一。前药是指本身无活性或活性较低但进入体内后经代谢转化生成具有治疗作用的药物形式。合理设计前药可以避免原形药物直接与组织器官接触造成的局部刺激或其他不良反应，并且可以通过特定酶的作用实现靶向释放，增强疗效的同时降低全身毒性。

最后，在临床前研究阶段要充分评估候选药物的安全性，包括急性毒性、长期毒性、遗传毒性等测试，利用动物模型预测人体潜在风险。必要时可结合计算机辅助药物设计（CADD）技术进行虚拟筛选和优化，提高研发效率并减少不必要的实验浪费。

总之，通过上述多种方法相结合的方式对药物分子结构进行系统化的改造与优化，可以在保证药效的前提下显著降低其毒副作用，为患者提供更加安全有效的治疗选择。