在移植免疫过程中，主要涉及的抗原有组织相容性复合体（MHC）抗原和红细胞血型系统抗原。其中，MHC抗原是移植免疫中最重要的一类抗原。
1. 组织相容性复合体（MHC）抗原：MHC又称为人类白细胞抗原（HLA），是一组位于第六号染色体上的基因座编码的蛋白质分子。根据其功能和结构特点，可以分为I类、II类和III类。在移植免疫中，主要关注的是I类和II类MHC抗原。
   - MHC I类分子：几乎存在于所有有核细胞表面，负责提呈内源性抗原肽给CD8 T细胞，参与细胞毒性T淋巴细胞（CTL）的活化过程。
   - MHC II类分子：主要表达于专职抗原递呈细胞如巨噬细胞、树突状细胞和B细胞等，能够提呈外源性抗原肽给CD4 T辅助细胞。
2. 红细胞血型系统抗原：主要包括ABO血型系统和Rh血型系统。虽然这些抗原在器官移植中的作用相对较小，但在输血时非常重要，因为不匹配的血型可能导致严重的免疫反应。
   - ABO血型系统：根据红细胞表面是否存在A、B抗原来划分，分为A型、B型、AB型和O型四种基本类型。
   - Rh血型系统：主要依据D抗原的存在与否来区分Rh阳性或阴性。

此外，在某些特殊情况下，其他类型的组织特异性抗原也可能成为移植免疫反应的目标，例如血管内皮细胞上的血管内皮生长因子受体（VEGFR）等。了解这些抗原对于预防和处理移植物排斥反应具有重要意义。