基因表达调控是一个复杂的过程，它涉及多个层次和阶段。从广义上讲，基因表达的调控可以分为转录前调控、转录水平调控、转录后调控以及翻译水平调控等几个主要方面。
1. 转录前调控：这一阶段主要是指DNA序列层面的变化，如染色质结构的改变（包括DNA甲基化和组蛋白修饰）、基因重排等。这些变化会影响DNA的可接近性，从而影响转录因子与启动子区域的结合能力，进而调节基因是否能够被转录。
2. 转录水平调控：这是指在RNA聚合酶开始合成mRNA的过程中对基因表达进行控制的过程。主要包括启动子的选择、增强子的作用以及转录因子的激活或抑制等机制。此阶段是基因表达调控中最重要的一环，因为大多数情况下，是否产生特定的mRNA直接决定了该蛋白质能否被合成。
3. 转录后调控：当mRNA分子已经生成但尚未翻译成蛋白质时发生的调节过程称为转录后调控。这包括mRNA剪接、加帽、多聚腺苷酸化以及其稳定性与定位等环节。通过这些机制，细胞可以对特定mRNA的数量和质量进行精细调整。
4. 翻译水平调控：这一阶段涉及mRNA被核糖体识别并翻译成蛋白质的过程中的各种调节方式，如miRNA介导的基因沉默、蛋白因子对翻译起始的影响等。

综上所述，在所有这些过程中，转录水平调控被认为是最关键和最直接影响基因表达量的因素。然而，其他三个阶段也非常重要，并且与转录水平调控相互作用共同决定了最终蛋白质产物的数量和功能状态。因此，在回答“基因表达调控主要发生在哪个阶段？”这一问题时，我们可以认为转录水平是最重要的一个环节，但不应忽视其他层面的作用。