化学物质导致基因突变的机制是多样的，主要可以归纳为直接作用和间接作用两大类。

首先，直接作用指的是化学物质或其代谢产物能够直接与DNA分子发生反应，改变DNA结构，从而引发突变。这类化学物质通常被称为致突变化学物。它们可以通过多种方式影响DNA：比如形成加合物，即化学物质或其活性代谢物与DNA中的碱基、磷酸基团或者脱氧核糖结合，导致碱基配对规则的改变；诱导DNA链断裂，造成DNA双链或单链的断裂，干扰正常的复制和修复过程；引发交叉链接反应，使两条DNA链之间或者DNA与其他分子如蛋白质之间形成不正常连接等。这些变化可能导致基因序列的插入、缺失、替换等突变类型。

其次，间接作用则是指化学物质通过影响细胞内的生物化学过程来间接地引起基因突变。例如，某些化合物可能作为氧化剂或促进自由基生成，导致DNA受到氧化损伤；还有一些化学物能够干扰细胞内正常的代谢途径，如核酸合成所需的前体物质的供应出现问题，或者改变细胞周期调控机制，影响DNA复制和修复过程中的准确性；此外，环境因素（包括物理、化学及生物因素）与遗传背景之间的相互作用也可能参与致突变的过程。

总之，了解化学物质导致基因突变的具体机理对于预防职业病、环境污染对人体健康的潜在威胁具有重要意义。在实际工作中，需要结合流行病学调查、毒理学研究等多种方法来评估特定化学物质的致突变风险，并采取相应的防护措施。