病例对照研究是一种常用的观察性研究方法，在医学研究中应用广泛，但也存在一定的局限性。

首先，病例对照研究容易产生选择偏倚。在选择病例组和对照组时，由于各种原因可能导致入选的研究对象不能代表总体人群。比如在医院选取病例和对照时，可能会因为不同医院的就诊人群特征不同，导致入选的病例和对照具有某些特殊的特征，从而影响研究结果的真实性。而且病例的诊断标准、病例的来源等因素也会影响病例组的代表性，对照的选择如果不合适，也会使两组之间缺乏可比性。

其次，信息偏倚也是病例对照研究的一个重要局限。回忆偏倚较为常见，病例组和对照组在回忆既往暴露情况时，可能因为时间久远、记忆不准确等原因，导致回忆的暴露信息存在偏差。病例可能会更仔细地回忆过去的暴露史，而对照则可能相对不那么重视，从而造成回忆的差异。此外，调查员在收集信息时，可能因为主观因素对病例组和对照组采用不同的询问方式或态度，也会引入信息偏倚。

再者，病例对照研究难以确定暴露与疾病的时间先后顺序。由于是回顾性研究，是从现在的疾病状态去追溯过去的暴露情况，有时候很难明确暴露是在疾病发生之前还是之后。如果不能准确判断时间顺序，就无法确定暴露与疾病之间的因果关系。

另外，病例对照研究不适用于研究人群中暴露比例很低的因素。因为暴露比例低时，需要很大的样本量才能发现暴露与疾病之间的关联，这在实际研究中可能会面临很大的困难，而且成本也会很高。

最后，病例对照研究不能直接计算发病率、死亡率等指标，只能计算比值比来估计相对危险度，在对疾病的发生频率等方面的描述和分析上存在一定的局限性。