食品微生物污染途径较为多样，主要包括以下几个方面。

首先是通过水进行污染。水在食品生产过程中是不可或缺的原料或介质。如果水源受到微生物污染，那么在食品加工、清洗、冷却等环节，微生物就会随之进入食品。例如，一些受污染的地表水或地下水含有大量细菌、病毒和寄生虫等，用这样的水清洗水果、蔬菜，微生物就会附着在其表面，进而污染食品。

其次是空气传播。空气中存在着各种各样的微生物，如细菌、霉菌孢子等。在食品的生产、储存和运输过程中，食品会暴露在空气中。尤其是在开放式的生产车间或储存环境中，微生物会随着空气流动沉降到食品表面。例如，在面包房里，如果通风不良，空气中的霉菌孢子就容易落在面包上，导致面包发霉变质。

土壤也是一个重要的污染途径。土壤中富含大量微生物，当农作物生长在被污染的土壤中时，微生物会附着在农产品表面。像一些根茎类蔬菜，如胡萝卜、土豆等，在生长过程中与土壤直接接触，土壤中的微生物很容易污染这些蔬菜。

此外，人及动物也是常见的污染源。人体的皮肤、口腔、呼吸道等部位都存在大量微生物。在食品加工过程中，操作人员如果不遵守卫生规范，如不戴口罩、不洗手等，就会将自身携带的微生物传播到食品上。动物的体表、消化道等也有众多微生物，畜禽肉类在屠宰、加工过程中，如果卫生条件不佳，就容易受到动物体内微生物的污染。

最后，加工设备和包装材料也可能造成污染。加工设备在使用过程中，如果清洗不彻底，就会残留微生物，后续加工的食品就会受到污染。包装材料如果在储存和运输过程中受到微生物污染，也会对食品造成二次污染。