碘缺乏病主要病因是环境缺碘，特别是土壤和水源中碘含量不足，这是导致碘缺乏病广泛存在的最根本原因。

地球表面不同地区的地质环境差异很大。在一些山区、高原以及远离海洋的内陆地区，由于长期的雨水冲刷等自然作用，土壤中的碘元素大量流失，使得生长在这些土壤上的植物含碘量也很低。而当地居民的食物主要来源于本地，通过食物摄入的碘量就难以满足人体正常需求。例如我国的云贵高原、青藏高原等地区，土壤和水源中的碘含量普遍较低，居民患碘缺乏病的风险相对较高。

另外，膳食中蛋白质、维生素及矿物质不足也会影响碘的吸收和利用。蛋白质是合成甲状腺激素的重要原料，如果膳食中蛋白质缺乏，会影响甲状腺激素的合成，即使有足够的碘摄入，也可能因为蛋白质的缺乏而无法正常合成甲状腺激素，从而导致碘缺乏病的发生。维生素和矿物质对甲状腺的正常功能也起着重要作用，缺乏某些维生素和矿物质会干扰甲状腺激素的代谢过程。

还有一些特殊生理时期，如孕妇、哺乳期妇女和婴幼儿，对碘的需求量比一般人群要高。如果在这些时期没有及时补充足够的碘，就容易出现碘缺乏的情况。孕妇碘缺乏不仅会影响自身健康，还会对胎儿的生长发育造成严重影响，可能导致胎儿智力发育迟缓、生长发育障碍等问题。

此外，某些致甲状腺肿物质也可能导致碘缺乏病。一些食物如木薯、卷心菜等含有硫氰酸盐、硫脲类等致甲状腺肿物质，这些物质会抑制甲状腺对碘的摄取和利用，从而加重碘缺乏的状况。当人体摄入过多这类食物时，即使环境中有一定量的碘，也可能因为这些致甲状腺肿物质的作用而出现碘缺乏病的症状。

综上所述，环境缺碘是碘缺乏病的主要病因，但膳食营养状况、特殊生理时期以及致甲状腺肿物质等因素也会在不同程度上影响碘的吸收和利用，共同作用导致碘缺乏病的发生。