参照WHO及美国CDC诊断标准，我国卫生部于1990年制定出我国的《院内感染分类诊断标准》。主要依据临床资料、实验室检查及其他检查和临床医生判断。在进行诊断时应注意以下几点：
1.对于有明确潜伏期的疾病，自入院第一天算起，超过平均潜伏期后所发生的感染即为医院感染。
2.对于无明确潜伏期的疾病，发生在入院48小时后的感染即为医院感染。
3.若病人发生感染直接与上次住院有关，亦为医院感染。
4.在原有医院感染的基础上医学\教育网，出现新的不同部位的感染或在原有感染部位已知病原体的基础上，又培养出新的病原体，这些均为医院感染。
5.新生儿在经产道时发生的感染，亦为医院感染。
下列情况不应看作医院感染：
1.在皮肤、粘膜开放性伤口或分泌物中只有细菌定植，而无临床症状和体征者。
2.由损伤产生的炎性反应或由非生物性刺激，如化学性刺激或物理性刺激而产生的炎症等。
3.新生儿经胎盘获得的感染，如单纯疱疹病毒，弓形体、水痘病毒或巨细胞病毒等，在出生后48小时内出现感染指征，不应认为是院内感染。
具体标准则根据感染部位共分类，即下呼吸道感染、伤口感染、泌尿道感染、胃肠道感染、血液感染、皮肤和软组织感染、骨与关节感染、生殖道感染、中枢神经系统感染、心血管系统感染、眼耳鼻咽喉和口腔感染、全身感染。
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