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疫源地消毒分为随时消毒和终末消毒二种。

随时消毒是指及时杀灭并消除由污染源排出的病原微生物而进行的随时的消毒工作。

终末消毒是指传染源住院隔离，痊愈或死亡后，对其原居地点进行的彻底消毒，以期将传染病所遗留的病原微生物彻底消灭。在医院中传染源停止隔离出院后，对物品及病房的消毒亦为终末消毒。

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