补体主要有三条激活途径，分别是经典途径、旁路途径和甘露糖结合凝集素（MBL）途径。

经典途径的激活物主要是抗原 - 抗体复合物。当抗体（IgM 或 IgG1、IgG2、IgG3）与抗原结合后，抗体的构象发生改变，暴露出补体 C1q 的结合位点，C1q 与之结合并被激活，依次激活 C1r、C1s。激活的 C1s 可裂解 C4 和 C2，形成 C4b2b 复合物，即 C3 转化酶。C3 转化酶可将 C3 裂解为 C3a 和 C3b，C3b 与 C4b2b 结合形成 C4b2b3b，即 C5 转化酶，进而启动后续的补体级联反应，形成攻膜复合物（MAC），导致靶细胞溶解。经典途径在感染后期或二次感染时发挥重要作用，是适应性免疫应答的效应机制之一。

旁路途径的激活物是细菌细胞壁成分（如脂多糖）、酵母多糖、凝聚的 IgA 和 IgG4 等。在生理状态下，C3 可在液相中自发裂解产生少量的 C3b。当有激活物存在时，C3b 可与激活物表面的某些成分结合，然后与 B 因子结合，在 D 因子的作用下，使 B 因子裂解为 Ba 和 Bb，形成 C3bBb 复合物，即旁路途径的 C3 转化酶。C3bBb 可结合更多的 C3b，形成 C3bBb3b，即旁路途径的 C5 转化酶，同样可启动后续的补体活化过程。旁路途径是机体抵御病原体感染的重要天然免疫防线，在感染早期即可发挥作用。

MBL 途径的激活起始于 MBL 与病原体表面的甘露糖等糖基的结合。MBL 是一种血浆蛋白，在肝脏合成。当机体感染时，急性期蛋白水平升高，MBL 可与病原体表面的甘露糖残基结合，随后激活与之相连的 MBL 相关丝氨酸蛋白酶（MASP）。MASP 具有与 C1s 类似的活性，可裂解 C4 和 C2，形成 C3 转化酶，后续过程与经典途径相同