疟疾是由疟原虫引起的虫媒传染病，主要治疗药物可根据不同的治疗目的分为控制临床发作、防止复发和传播以及预防三类。

控制临床发作的药物主要作用是杀灭红细胞内期疟原虫。氯喹是常用药物之一，它对各种疟原虫的红细胞内期裂殖体有较强的杀灭作用，能迅速控制疟疾的临床发作。其特点是起效快、疗效高、作用持久，一般服药后24 - 48小时体温可降至正常，48 - 72小时血中疟原虫消失。但近年来，疟原虫对氯喹的耐药性逐渐增加。青蒿素及其衍生物也是控制临床发作的重要药物，如青蒿琥酯、蒿甲醚等。青蒿素作用于疟原虫的膜系结构，对红细胞内期疟原虫有强大且快速的杀灭作用，具有高效、速效、低毒等优点，尤其适用于耐氯喹的疟原虫感染，还可用于凶险型疟疾的抢救。

防止复发和传播的药物主要是伯氨喹，它能杀灭肝细胞内的休眠子，控制疟疾的复发，还能杀灭配子体，防止疟疾的传播。但伯氨喹可能会引起急性溶血性贫血等不良反应，使用时需要密切监测。

用于预防的药物有乙胺嘧啶，它能抑制疟原虫的二氢叶酸还原酶，从而阻碍疟原虫的核酸合成，对恶性疟及间日疟的原发性红细胞外期有抑制作用，是目前病因性预防的首选药。

在临床治疗中，医生会根据患者的具体情况，如疟原虫的种类、病情的严重程度、患者的身体状况等，合理选择药物并制定个体化的治疗方案。同时，在治疗过程中还需要密切观察患者的反应，及时处理可能出现的不良反应。