黄芩的炮制方法是烫、蒸、或短时间水煮，以便破坏酶而保留其有效成分。但加热时间从10分钟到48小时不等，有些地区认为黄芩有小毒，须用冷水浸泡至色变绿去毒后再切制，名“淡黄芩”，但也有认为黄芩遇水变绿影响质量，必须用热水煮后切成饮片，以色黄为佳。按黄芩中有效成分为黄芩甙。试验证明，黄芩遇冷水变绿色的原因是黄芩中的黄芩甙（Baicalin）被酶（Baicalinase）在一定温度和湿度下酶解成黄芩素（Baicalein）（5，6，7一三羟基黄酮），由于邻三羟基不稳定，容易被氧化变绿。

药理试验证明：生黄芩、冷浸黄芩的抑菌能力较烫、煮、蒸的黄芩低。医学教育网整理所以黄芩炮制的目的是破坏酶并使药材软化易切片，故以蒸（1小时）或煮（不超过10分钟）为宜。北方以蒸或沸水略煮，“应以色黄为佳”，是符合科学道理的。