农村合作医疗制度是中国为解决农民基本医疗保障问题而设立的一项重要政策，它主要通过政府、集体和个人三方共同筹资的方式，为农民提供基本医疗服务。该制度的运行主要包括以下几个方面：

首先，在资金筹集上，农村合作医疗的资金来源主要是中央和地方政府财政补贴、集体经济组织支持以及参合农民个人缴费三部分组成。其中，中央和地方财政对每个参合人员给予一定比例或定额补助，旨在减轻农民负担；而集体经济组织则根据自身条件提供相应支持；参合农民需按年度缴纳一定数额的合作医疗费用。

其次，在管理机构方面，农村合作医疗通常由县级卫生行政部门负责组织实施，并设立专门的经办机构（如新型农村合作医疗办公室）来具体管理和运作。这些机构主要承担着政策制定、基金筹集与使用监管、医疗服务价格谈判等职责。

再次，在服务提供上，参合农民可以在指定的定点医疗机构享受门诊和住院治疗服务。对于一些常见病、多发病，一般优先推荐在乡镇卫生院或村卫生室诊治；而对于需要转诊至县级及以上医院的情况，则需按照规定程序办理相关手续，并可能面临更高的自付比例。

最后，在报销流程上，参合农民就医时只需支付个人应承担的部分费用，其余部分由合作医疗基金直接与医疗机构结算。同时，为了方便群众，部分地区还推出了“一站式”即时结报服务，即患者在出院时即可完成所有费用的结算工作，无需再次往返于医院和经办机构之间。

总之，农村合作医疗制度通过多方参与、多层次保障的方式，在一定程度上缓解了农民看病难、看病贵的问题，对于提高农村居民健康水平具有重要意义。