肉类食品的主要卫生问题包括以下几个方面。

微生物污染是较为常见的问题。细菌是肉类微生物污染的主要来源，如沙门氏菌，它广泛存在于畜禽的肠道中，在屠宰、加工、运输、储存等过程中都可能污染肉类，人食用被沙门氏菌污染的肉类后，可能会引发发热、腹痛、腹泻等食物中毒症状。还有金黄色葡萄球菌，它能产生肠毒素，即使经过高温烹饪，毒素也可能残留，导致食用者出现恶心、呕吐等症状。此外，肉毒梭菌也可能存在于肉类中，其产生的肉毒毒素毒性极强，严重时可危及生命。

寄生虫感染也是不容忽视的卫生问题。例如，猪带绦虫和牛带绦虫，人若食用了含有活的囊尾蚴的猪肉或牛肉，囊尾蚴会在人体肠道内发育为成虫，可引起消化不良、腹痛等症状。旋毛虫主要寄生在猪、犬等动物体内，人食用了未煮熟的含有旋毛虫幼虫囊包的肉类后，幼虫会在肠道内发育为成虫，成虫产生的幼虫可移行至全身肌肉，引起发热、肌肉疼痛等症状。

化学物质残留同样影响肉类食品卫生。在畜禽养殖过程中，可能会使用兽药，如抗生素、激素等。如果使用不当或不遵守休药期规定，就会导致肉类中兽药残留超标。长期摄入含有兽药残留的肉类，可能会使人体产生耐药性，还可能影响人体的内分泌系统。农药残留也是一个方面，畜禽可能通过食用被农药污染的饲料而使肉类中含有农药残留，对人体健康造成潜在危害。此外，重金属污染也较为常见，如铅、汞、镉等，这些重金属可通过环境、饲料等途径进入畜禽体内并蓄积，人食用后会在体内逐渐积累，损害人体的神经系统、肾脏等器官。

另外，在肉类的加工、储存和销售过程中，如果卫生条件不达标，如加工场所环境差、储存温度不当、销售过程中交叉污染等，也会导致肉类食品受到二次污染，加速肉类的腐败变质，降低肉类的卫生质量和安全性。