与会专家重点就肠道稳态研究的标准化、肠道稳态与宿主之间的关系及相互调控作用的机理，肠道稳态与消化系统疾病、代谢内分泌疾病、心血管疾病等重大慢性疾病的发生机理，肠道稳态研究领域转化医学、个体化医学等科学问题和前沿热点、发展趋势等进行了广泛、深入的交流和讨论。较全面分析了相关领域的研究现状，凝炼并提出了该领域急需关注和解决的重要科学问题：1、加强肠道稳态研究中的方法学研究，包括进行基于宏基因组学策略的细菌高通量测序和生物信息学组装和分析，搭建宏基因组与经典微生物培养方法间的桥梁，促进肠道微生物组的分类学研究向功能基因组学研究发展；建立合适的动物模型（如猪、大鼠等）用于肠道稳态与疾病发生机理和干预措施的研究。2、探索肠道稳态研究方法的标准化，使不同实验室之间的测定值具有可比性，使常规测定的准确性可溯源于公认的参考系统。3、研究肠道微生物群的构成和功能。包括对粪便标本或胃肠道粘膜活检样本的不同微生物的基因组建立临床标本库；建立代表性的中国人肠道微生物组学数据，打造中国的肠道微生物组学研究计划；全面、深入地揭示消化道慢性病人群消化道微生物群构成和多样性，以及相关的代谢物组学的研究。4、肠道稳态与宿主之间的关系及相互调控作用的机理研究，聚焦肠道稳态与疾病发生、发展、转归的作用机制；5、应用高通量测序及生物信息学分析技术，研究不同个体、生命不同阶段的微生物组的动态发育过程，寻找与疾病发生、发展直接相关的微生物类型，进行标志性肠道微生物的鉴定，加强转化医学、个体化医学的研究。
