清除非药用部位具有多方面重要目的，具体如下：

首先是保证用药剂量的准确性。中药材中常常包含一些非药用部分，如果不加以清除，在称量药材时就会使非药用物质也被计入重量，从而导致实际药用成分的含量不足。例如，麻黄的根与茎作用不同，茎能发汗解表，根则止汗，若不将根去除干净，会影响麻黄发汗功效的准确发挥，也难以按照准确剂量为患者用药，进而影响治疗效果。

其次是提高药物的纯度和疗效。非药用部位可能会干扰药用成分的提取和药效的发挥。像远志，其心部不仅无明显药效，还可能影响远志祛痰、安神等功效的发挥，去除心部后能使有效成分更集中，提高药物纯度，让药物更好地发挥治疗作用。

再者是有利于制剂的制备。在中药制剂生产过程中，非药用部位可能会影响制剂的质量和稳定性。比如，果实类药材表面的绒毛、杂质等，若不清除，可能会堵塞生产设备，影响制剂的澄清度和均匀度。清除这些非药用部位可以保证制剂生产的顺利进行，提高制剂的质量。

然后是保证用药安全。部分非药用部位可能存在毒性或不良反应。如白果的芯含有少量氢氰酸，有一定毒性，去除芯后能降低用药风险，保障患者用药安全。

最后是便于储存和保管。非药用部位往往含有较多的水分、杂质等，容易导致药材发霉、变质。清除非药用部位可以减少这些不利因素，延长药材的储存时间，保证药材质量的稳定。总之，清除非药用部位是中药炮制过程中不可或缺的重要环节，对保证中药的质量、疗效和安全具有重要意义。