中药灭菌常用方法有多种，每种方法都有其特点和适用范围。

物理灭菌法是较为常见的一类方法。干热灭菌法利用高温干热空气进行灭菌，比如火焰灭菌，是直接用火焰灼烧来杀灭微生物，适用于金属、玻璃等器具的灭菌；干热空气灭菌则是在高温干热的环境下使微生物蛋白质氧化、变性、炭化和电解质浓缩而死亡，常用于耐高温的玻璃和金属制品等的灭菌。湿热灭菌法包括热压灭菌法，它是在高压蒸汽的环境下进行，利用饱和水蒸气的强大穿透力，使微生物的蛋白质凝固变性而达到灭菌的目的，是一种可靠且应用广泛的灭菌方法，适用于耐高温、耐高压、耐潮湿的物品，如注射剂、口服液等；流通蒸汽灭菌法是在常压下用100℃的水蒸气进行灭菌，一般适用于不耐高温的药品；煮沸灭菌法是将物品在沸水中煮一定时间来灭菌，操作简单，但效果相对有限，常用于一些器具的初步处理。

射线灭菌法也是重要的手段。紫外线灭菌法是利用紫外线的杀菌作用，使微生物细胞内核酸、原浆蛋白和酶发生化学变化而死亡，一般用于空气和表面的灭菌。辐射灭菌法是利用γ射线等高能射线进行灭菌，具有不升高产品温度、穿透力强等优点，可用于一些不耐热药品的灭菌。

过滤除菌法是通过过滤介质，将微生物截留从而达到除菌的目的，适用于一些不耐热的药液、气体等的除菌，但该方法只能除去活的微生物，不能除去热原等。

化学灭菌法包括气体灭菌法，常用环氧乙烷等气体进行灭菌，能杀灭各种微生物，适用于塑料容器、橡胶塞等的灭菌；药液灭菌法是利用化学消毒剂的溶液进行灭菌，如用75%乙醇等对器具、皮肤等进行消毒。