酶对蛋白质具有多种重要的催化作用。首先是水解作用，这是酶对蛋白质最常见的催化方式。蛋白酶能够特异性地识别蛋白质分子中的特定肽键，并将其断裂。比如胃蛋白酶、胰蛋白酶等，它们作用的位点有所不同。胃蛋白酶主要作用于芳香族氨基酸（如苯丙氨酸、酪氨酸等）残基形成的肽键，在胃内酸性环境下，将食物中的蛋白质初步水解为较小的多肽片段。胰蛋白酶则特异性地作用于精氨酸或赖氨酸羧基所形成的肽键，在小肠的碱性环境中进一步对蛋白质进行水解。通过这些蛋白酶的协同作用，蛋白质最终被逐步降解为氨基酸，以便机体吸收和利用。

除了水解作用，酶还能对蛋白质进行修饰作用。例如蛋白激酶可以催化蛋白质的磷酸化反应，它能够将ATP上的磷酸基团转移到蛋白质特定的氨基酸残基（如丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸等）上。蛋白质的磷酸化状态改变会影响其结构和功能，进而参与细胞内众多的信号转导过程，调节细胞的生长、分化、代谢等生理活动。相反，蛋白磷酸酶则可以催化去磷酸化反应，去除蛋白质上的磷酸基团，使蛋白质恢复到原来的状态，与蛋白激酶共同维持蛋白质磷酸化的动态平衡。

此外，还有一些酶参与蛋白质的折叠和组装过程。分子伴侣如热休克蛋白等，虽然它们本身不直接催化蛋白质的化学反应，但可以帮助新生的蛋白质正确折叠成具有生物学活性的三维结构，防止蛋白质错误折叠和聚集，保证蛋白质的正常功能。总之，酶在蛋白质的代谢、功能调节以及结构形成等方面都发挥着至关重要的作用。