六神曲与淡豆豉在发酵方面存在多方面的差异。

首先是原料不同。六神曲的原料较为复杂，主要是以面粉、麸皮为基础原料，同时还会加入杏仁泥、赤小豆粉以及鲜青蒿、鲜苍耳草、鲜辣蓼自然汁，经过混合制成软材后，压制成块，再进行发酵。而淡豆豉一般是以黑大豆为主要原料，加入青蒿、桑叶等煎汁，经过一定处理后进行发酵。

其次是发酵的菌种来源有区别。六神曲是利用自然界中的多种微生物进行发酵，其发酵过程中微生物种类丰富，多种微生物的协同作用赋予了六神曲独特的药性和功效。淡豆豉的发酵虽然也利用了环境中的微生物，但相对来说，其微生物种类可能没有六神曲那么复杂，主要是在黑大豆和青蒿、桑叶汁的基础上，依靠环境微生物自然接种发酵。

再者是发酵的条件有差异。六神曲发酵时，需要将制成的曲块置于适宜的温度和湿度环境中，一般要求温度相对较高且湿度较大，以促进微生物的生长繁殖，通常需要发酵一定的时间，待曲块表面生出黄白色霉衣时发酵完成。淡豆豉发酵时，对温度和湿度也有要求，但在具体的数值上与六神曲有所不同，它需要在相对温和的条件下进行发酵，以保证黑大豆能够充分发酵，产生所需的有效成分。

最后是功效不同。六神曲具有消食和胃的功效，常用于饮食积滞等症状。淡豆豉则具有解表除烦的作用，多用于外感表证及胸中烦闷等情况。这些功效的差异也与它们发酵过程中产生的化学成分变化有关。总之，六神曲和淡豆豉在发酵的原料、菌种来源、条件以及最终功效等方面都存在明显的差异。