扶正祛邪是中医治疗疾病的重要治则，在实际应用中需根据正邪双方力量对比及具体病情灵活运用，以下是其具体的应用方式。

扶正，即扶助正气，增强体质，提高机体抗邪能力。适用于以正气虚、邪气不盛为主的虚证。对于这类患者，可采用益气、养血、滋阴、助阳等方法。比如，对于气虚的患者，常使用人参、黄芪等药物来补气，增强人体的正气。在临床实践中，许多慢性疾病如慢性支气管炎、慢性肾炎等，在缓解期往往以正气虚为主，此时就应以扶正为主，调补脏腑功能，提高机体免疫力，预防疾病的复发。

祛邪，即祛除病邪，使邪去正安。适用于以邪气盛、正气未衰为主的实证。根据不同的邪气性质和部位，可采用发汗、攻下、清解、消导等方法。例如，外感表邪时，可使用麻黄、桂枝等药物发汗解表；体内有食积时，可用山楂、神曲等药物消食导滞。对于一些急性感染性疾病，如肺炎、急性肠胃炎等，在疾病初期邪气较盛，应以祛邪为主，迅速消除病邪，防止病情进一步发展。

扶正与祛邪还可同时使用，即扶正祛邪兼用。适用于正虚邪实的病证，但具体应用时又有扶正为主兼祛邪和祛邪为主兼扶正之分。若正气虚较甚，应以扶正为主，兼顾祛邪，如治疗肿瘤患者时，在使用扶正药物增强机体抵抗力的同时，适当配合一些抗肿瘤的药物祛邪；若邪气盛而正气尚能耐攻，应以祛邪为主，兼顾扶正，以免祛邪伤正。

在疾病的发展过程中，正邪双方的力量对比会不断发生变化，因此扶正祛邪的运用也需根据病情的变化及时调整。医生应全面、动态地观察病情，准确判断正邪的盛衰，合理运用扶正祛邪的治则，以达到最佳的治疗效果。