原发性肝癌的主要诊断方法有多种，通常需要综合运用这些方法以提高诊断的准确性。

血清学检查是重要的诊断手段之一。甲胎蛋白（AFP）是诊断原发性肝癌的特异性肿瘤标志物，临床上约70%的原发性肝癌患者AFP会升高。一般来说，AFP持续4周大于等于400μg/L，或持续8周大于等于200μg/L，并能排除妊娠、活动性肝病、生殖腺胚胎源性肿瘤等情况，就高度怀疑原发性肝癌。此外，异常凝血酶原（PIVKA - Ⅱ）、α - L - 岩藻糖苷酶（AFU）等指标也可辅助诊断。

影像学检查在原发性肝癌诊断中也起着关键作用。超声检查是一种常用的筛查方法，它能清晰显示肝脏内的占位性病变，可发现直径1cm左右的微小肝癌，还能观察肿瘤的大小、形态、位置以及与周围血管的关系等。CT检查具有较高的分辨率，能更准确地显示肝脏的解剖结构和肿瘤的特征，如增强CT动脉期肿瘤呈快速强化，门脉期和延迟期强化程度下降，表现为“快进快出”的特点，对肝癌的诊断和鉴别诊断有重要价值。MRI对软组织的分辨能力优于CT，能够多方位、多序列成像，有助于发现小肝癌和对肝癌进行分期。肝血管造影是一种有创检查，通过向肝动脉内注入造影剂，可清晰显示肿瘤的供血动脉和血管分布情况，对于一些难以诊断的小肝癌有一定的诊断价值。

肝穿刺活检是诊断原发性肝癌的金标准。在超声或CT引导下，用细针经皮穿刺肝脏肿瘤，获取组织进行病理检查，能够明确肿瘤的性质、类型和分化程度，但这是一种有创检查，可能会引起出血、肿瘤种植转移等并发症，一般在其他检查不能确诊时才考虑使用。

综上所述，原发性肝癌的诊断需要结合患者的临床表现、血清学检查、影像学检查以及必要时的肝穿刺活检等多方面结果进行综合判断。