归经理论的依据主要有以下几方面。

首先，中医经典理论的指导是归经理论形成的重要基础。《黄帝内经》中已经蕴含了药物作用与脏腑经络相关的思想，它详细阐述了人体经络系统的循行、脏腑的生理功能以及疾病的发生发展与经络脏腑的关联。这些理论为后世医家观察药物对人体特定部位产生的影响提供了宏观的理论框架，使得医家们在用药实践中有了思考药物作用方向的理论指引。

再者，临床疗效是确定药物归经的关键依据。在长期的医疗实践中，医家们通过大量的用药观察，发现某些药物对特定脏腑、经络的病变具有明显的治疗作用。例如，桔梗、杏仁等药物能止咳平喘，而肺主气司呼吸，咳嗽、气喘多为肺系病症，所以将这些药物归为肺经。又比如，黄连能治疗心经热盛导致的心烦失眠等症状，故而归心经。这种基于临床疗效总结出来的药物归经，是经过无数次实践检验的，具有很强的实用性和可靠性。

此外，药物自身的特性也是归经理论的参考因素之一。药物的气味、质地等不同特性会影响其在人体内的作用趋向。一般来说，味辛、气轻的药物多上行入肺经、心经；味咸、质重的药物多下行入肾经等。虽然药物特性与归经的关系不是绝对的，但它从一定程度上反映了药物与人体脏腑经络之间的内在联系，丰富了归经理论的内涵。

综上所述，归经理论是在中医经典理论的指导下，以长期的临床疗效观察为主要依据，并结合药物自身特性等因素而形成的，它对于准确用药、提高临床疗效具有重要的指导意义。