放射性核素诊断虽然在现代医学中具有重要价值，但也存在一定的局限性。

首先，放射性核素诊断存在辐射危害。检查过程中患者会受到一定剂量的电离辐射，尽管目前医疗检查所使用的放射性剂量都在安全范围内，但多次或长期接触仍可能对人体产生不良影响，尤其是对儿童、孕妇以及对辐射较为敏感的人群。长期的辐射暴露可能增加患癌症等疾病的风险，这也限制了该技术的频繁使用。

其次，放射性药物使用受限。放射性药物的半衰期一般较短，这就要求其在制备、运输和使用过程中必须快速、高效。否则，放射性药物的活性会很快降低，影响诊断效果。而且，放射性药物的制备需要特定的设备和技术条件，并不是所有医院都具备生产能力，这就导致一些地区的医院可能无法及时获取到合适的放射性药物，限制了该诊断方法的普及。

再者，放射性核素诊断的图像分辨率相对有限。与一些先进的影像学检查如磁共振成像（MRI）和计算机断层扫描（CT）相比，放射性核素诊断所获得的图像清晰度和细节显示能力较差。这使得在某些情况下，难以准确判断病变的细微结构和边界，可能导致对病变的性质、大小和位置等信息判断不够精准，影响诊断的准确性。

另外，该诊断方法特异性不强。很多疾病在放射性核素诊断图像上可能表现相似，难以仅通过核素图像来明确区分具体疾病。往往需要结合患者的临床表现、其他实验室检查结果以及其他影像学检查进行综合判断，增加了诊断的复杂性和不确定性。

最后，放射性核素诊断的费用相对较高。放射性药物的研发、生产、储存以及相关设备的购置和维护都需要大量的成本，这些成本最终会转嫁到患者身上，使得放射性核素诊断的费用较高，给患者和社会医疗资源带来一定的经济负担，也在一定程度上限制了其广泛应用。