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肝脓肿多为肝脏的继发性化脓性炎症疾病，极少数为原发性肝脓肿。
其病因来源依次有4个途径：
①门静脉进路：肝脏的血运有70％～75％来自门静脉。其余20％～25％来自肝动脉：当患者患有急性化脓性阑尾炎、急性盆腔炎、急性肠道炎症时，细菌可随着门静脉进入肝脏。引起门静脉炎和肝脏脓肿。
②胆道进路：急性化脓性胆囊炎、急性化脓性胆管炎、肝内外胆管炎症时。细菌可沿着胆管进入肝内胆管、毛细胆管引起肝脓肿[1]。
③肝动脉进路：呼吸系统炎症感染、全身皮肤、皮下化脓性病灶，脓毒血症等。细菌均可随动脉血流进入肝动脉到达肝脏引起肝脓肿。
④直接肝脏进路：开放性肝脏外伤性破裂，细菌可由体外带入肝脏引起肝脓肿。
⑤隐源性感染：临床上将查不出引起肝脓肿的病灶来源的感染，称为隐源性感染。病人常有免疫功能低下和全身代谢性疾病，如癌症病人化疗后、糖尿病等。
但近年来的临床实践结果看来，由于有效抗生素的广泛应用以及手术治疗的进步。肠道炎症能够得到良好控制，使本以门静脉为首要进路者已日见减少。相反地以次要的胆道进路有明显上升。
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