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与普通蛋白质抗原不同，超抗原的一端可直接与TCR的Vβ链CDR3外侧区域结合，以完整蛋白的形式激活T细胞，另一端和抗原提呈细胞表面的MHCⅡ类分子的抗原结合槽外部结合，因而超抗原不涉及Vβ的CDR3及TCRα的识别，不受MHC的限制。超抗原所诱导的T细胞应答，其效应并非针对超抗原本身，而是通过分泌大量的细胞因子而参与某些病理生理过程的发生与发展。因此，超抗原实际是一类多克隆免疫细胞的激活剂。
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