中医基础理论的核心主要包括整体观念和辨证论治。

整体观念是中医基础理论核心之一。它强调人体自身的整体性以及人与自然、社会环境的统一性。从人体自身来看，人体是一个有机整体，各个组成部分之间在结构上不可分割，在功能上相互协调、相互为用，在病理上相互影响。比如，心主血脉，又主神明，与其他脏腑通过经络等相互关联。当心脏出现问题时，可能会影响到其他脏腑的功能，出现心悸、失眠等症状的同时，也可能伴有脾胃运化失常、食欲不振等表现。从人与自然环境的统一性来讲，自然界的变化会对人体产生影响。例如，春季气候温暖多风，人体的阳气也会随之升发，此时若不注意养生，容易感受风邪而患病。在夏季，天气炎热，人体的气血趋向体表，出汗较多，容易耗气伤津。而人与社会环境也密切相关，社会的变迁、个人的社会地位和经济状况等都会影响人的心理和生理状态，进而影响健康。

辨证论治是中医认识疾病和治疗疾病的基本原则，也是中医基础理论的核心内容。辨证，就是将四诊（望、闻、问、切）所收集的资料、症状和体征，通过分析、综合，辨清疾病的原因、性质、部位，以及邪正之间的关系，概括、判断为某种性质的证。论治，则是根据辨证的结果，确定相应的治疗方法。例如，同样是咳嗽，可能有风寒犯肺证、风热犯肺证、肺阴虚证等不同的证型。对于风寒犯肺证，治疗时应采用疏风散寒、宣肺止咳的方法；而对于风热犯肺证，则需要疏风清热、宣肺化痰。辨证论治体现了中医的个体化治疗特点，能够针对每个患者的具体情况进行精准治疗，这也是中医的优势所在。

整体观念和辨证论治贯穿于中医理论体系的各个方面，指导着中医的诊断、治疗和预防保健等实践活动，是中医基础理论的核心所在。