基因编辑技术，尤其是CRISPR-Cas9等新型工具，在胚胎中的应用引发了广泛的伦理争议。主要的争议点包括以下几个方面：
1. 安全性和有效性问题：目前，基因编辑技术尽管在实验室研究中取得了显著进展，但其长期安全性和有效性尚未得到充分验证。错误的基因编辑可能会导致不可预测的后果，如脱靶效应（即修改了非目标基因）可能导致新的疾病或遗传缺陷。
2. 遗传改变的代际传递：对胚胎进行基因编辑意味着这种改变将被永久性地引入人类基因池，并可能通过后代传递下去。这引发了对未来世代健康和福祉的影响担忧，以及是否应该由当前一代人决定未来几代人的基因组成的问题。
3. 社会公正与不平等问题：高昂的研发成本和技术门槛可能导致只有少数富裕家庭能够负担得起为他们的孩子进行基因编辑的服务，从而加剧社会不平等现象。此外，如果允许对某些特征（如智力、外貌）的优选，则可能进一步固化或扩大现有的社会偏见和歧视。
4. 人类尊严与自然性：一些人认为，通过人为干预来改变人类胚胎的行为是对生命本质的侵犯，违反了人的基本权利和尊严。还有观点担忧这可能导致“设计婴儿”现象，即父母根据个人偏好选择孩子的遗传特征，从而损害儿童自主发展的权利。
5. 监管缺失与滥用风险：目前全球范围内对于基因编辑技术的应用缺乏统一的标准和严格的监管机制。如果没有适当的法律框架加以规范，可能会出现滥用或不当使用的情况，如用于非医疗目的的基因增强等。

综上所述，尽管基因编辑技术在预防遗传性疾病方面展现出巨大潜力，但其在胚胎中的应用仍需谨慎对待，并应建立相应的伦理准则和社会共识来指导相关研究和实践。