复发性阿弗他溃疡的治疗目的是消炎、止痛、防止继发感染，促进愈合。治疗方法包括局部治疗和全身治疗。

局部治疗方面，首先是消炎类药物。药膜是常用的一种，其基质中含有抗生素及可的松等药物，用时先将溃疡表面擦干，剪下与病变面积大小相近的药膜，贴于溃疡上，有减轻疼痛、保护溃疡面、促进愈合的作用。软膏也可使用，如0.1%曲安西龙软膏，涂于患处，可起到抗炎作用。含漱液如0.1%依沙吖啶液、0.02%呋喃西林液等，每日数次含漱，能清洁口腔、杀菌消炎。含片如西地碘片，有广谱杀菌、收敛作用。此外，还可使用散剂，如冰硼散、锡类散等，撒于溃疡面上，可起到清热消肿、生肌敛疮的功效。

止痛药物也很重要。常用的有0.5%盐酸达克罗宁液，在疼痛难忍或进食前，涂于溃疡处，有迅速麻醉止痛作用。

局部封闭适用于重型复发性阿弗他溃疡。用曲安奈德混悬液加入等量的2%利多卡因液，注射于溃疡下方结缔组织内，有止痛、促进愈合的作用。理疗采用激光、微波等照射溃疡，可减少渗出，促进愈合。

全身治疗主要是对因治疗、控制症状、促进愈合、减少复发。对于免疫增强剂，如转移因子，可提高机体的细胞免疫功能；胸腺素可调节和增强人体免疫功能。免疫抑制剂如糖皮质激素，适用于病情较重而又无禁忌证的患者，但使用时要注意其不良反应。此外，补充维生素如维生素C、复合维生素B等，微量元素如铁、锌制剂等，对复发性阿弗他溃疡的治疗也有一定帮助。同时，患者应注意保持口腔卫生，避免食用辛辣、刺激性食物，保证充足的睡眠，保持心情舒畅，以减少溃疡的复发。