由于你没有明确指出“两者”具体是什么，下面我以口腔常见的两种疾病——牙源性角化囊肿和含牙囊肿为例，来阐述它们在病理上的区别。

牙源性角化囊肿又称始基囊肿，是一种常见的牙源性囊肿。其病理表现具有独特之处。在肉眼观察时，囊肿壁较薄，囊腔内常含有黄白色发亮的角化物或干酪样物质。镜下可见，衬里上皮为较薄的、厚度一致的复层扁平上皮，一般无上皮钉突，上皮表面呈波浪状或皱褶状，表层角化多呈不全角化。棘细胞层较薄，常呈细胞内水肿。基底细胞层界限清楚，由柱状或立方状细胞组成，胞核着色深且远离基底膜，呈栅栏状排列。纤维囊壁较薄，一般无炎症，但合并感染时，囊壁增厚，可见炎细胞浸润。有时纤维囊壁内可见微小的子囊和（或）上皮岛。

含牙囊肿又称滤泡囊肿，是指囊壁包含一个未萌牙的牙冠并附着于该牙的牙颈部的囊肿。肉眼观察，囊肿内含牙冠，囊壁附着于釉牙骨质界处。镜下，衬里上皮为复层扁平上皮，一般较薄，由2 - 5层扁平细胞或矮立方状细胞组成，无角化，无上皮钉突。在囊壁中偶尔可见牙源性上皮岛或微小囊肿。纤维囊壁较薄，一般无炎症，但若继发感染，囊壁内可见大量炎细胞浸润。

综上所述，牙源性角化囊肿和含牙囊肿在病理上有明显区别。从衬里上皮来看，牙源性角化囊肿有不全角化、棘细胞层薄、基底细胞呈栅栏状排列等特征，而含牙囊肿无角化、上皮较薄且无钉突。纤维囊壁方面，牙源性角化囊肿可能有子囊和上皮岛，含牙囊肿则偶见牙源性上皮岛或微小囊肿。这些病理特征对于准确诊断和治疗这两种疾病具有重要意义。