复发性阿弗他溃疡的治疗原则是消除病因、增强体质、对症治疗，以减少复发次数，延长间隙期，减轻疼痛，促进愈合。治疗方法主要分为局部治疗和全身治疗。

局部治疗目的是消炎、止痛、防止继发感染、促进愈合。消炎类药物可使用药膜，如羧甲基纤维素钠、山梨醇，加入金霉素、氯己定，以及表面麻醉剂、皮质激素等制成；软膏如0.1%曲安西龙软膏；含漱液如0.1%依沙吖啶液、0.02%呋喃西林液；含片如西地碘片；散剂如复方皮质散、锡类散等。止痛类药物常用0.5%盐酸达克罗宁液，在疼痛难忍和进食前使用。腐蚀剂可使蛋白凝固，形成假膜，促进愈合，如10%硝酸银、50%三氯醋酸等，但仅限用于溃疡数目少、面积小且间歇期长者。局部封闭适用于重型复发性阿弗他溃疡，用曲安奈德混悬液加入等量的2%利多卡因液，溃疡下局部浸润。理疗如激光、微波等照射溃疡，有减少渗出促进愈合的作用。

全身治疗目的是对因治疗、控制症状、减少复发、促进愈合。肾上腺皮质激素及其他免疫抑制剂，肾上腺皮质激素类如泼尼松、地塞米松，免疫抑制剂如环磷酰胺、甲氨蝶呤、硫唑嘌呤等，但使用时要注意其副作用。免疫增强剂如转移因子、左旋咪唑、胸腺素等。中医药方面，根据辩证施治原则，分别用清胃散、玉女煎、知柏地黄汤等治疗。其他药物如维生素类（维生素C、复合维生素B）、微量元素（硫酸锌糖浆或片剂）等也有助于治疗。同时，患者要保持口腔卫生，避免食用辛辣、刺激性食物，保证充足睡眠，减少精神压力，这些对复发性阿弗他溃疡的治疗和预防复发都有重要意义。