牙颌面畸形是指因颌骨发育异常引起的颌骨体积、形态以及上下颌骨之间及其与颅面其他骨骼之间的关系异常，和随之伴发的牙合关系及口颌系统功能异常与颜面形态异常。其主要病因包括以下几个方面：

遗传因素在牙颌面畸形的发生中起着重要作用。某些牙颌面畸形具有明显的家族遗传倾向，比如一些先天性的下颌前突、上颌后缩等情况，可能通过基因传递给下一代。父母的牙颌面特征会在一定程度上影响子女的颌面发育，使得子女出现相似的牙颌面畸形问题。

胚胎发育异常也是常见病因之一。在胚胎发育过程中，如果受到某些因素的干扰，如孕妇在孕期受到辐射、感染风疹病毒、服用某些致畸药物等，可能会影响胎儿颌面部的正常发育，导致牙颌面畸形。例如，唇腭裂就是一种常见的由于胚胎发育异常引起的牙颌面畸形。

儿童在生长发育期间的不良习惯也会引发牙颌面畸形。比如长期吮指、咬下唇、口呼吸等。吮指习惯可能导致上前牙前突、下前牙后缩；咬下唇习惯会使下颌后缩、上颌前突；口呼吸则可能造成上颌牙弓狭窄、腭盖高拱、前牙前突等情况。

一些疾病也可能导致牙颌面畸形。例如，佝偻病患者由于体内维生素D缺乏，影响钙磷代谢，可引起颌骨发育异常；腺样体肥大导致呼吸道阻塞，患者长期用口呼吸，进而引发牙颌面畸形；此外，颌骨的外伤、肿瘤等疾病在治疗后也可能遗留牙颌面畸形问题。

综上所述，牙颌面畸形的病因是多方面的，了解这些病因对于预防和治疗牙颌面畸形具有重要意义。