多肽和蛋白质在结构上存在着多方面的区别。

从基本组成单位来看，它们虽然都是由氨基酸通过肽键连接而成，但在氨基酸数量上有明显差异。一般来说，多肽通常是由较少数量的氨基酸残基组成，通常氨基酸残基数在10 - 50个左右。而蛋白质则是由更多的氨基酸残基构成，通常氨基酸残基数量超过50个，有的蛋白质甚至含有成百上千个氨基酸。

在一级结构方面，二者虽都指氨基酸的排列顺序，但由于氨基酸数量不同，导致它们的一级结构复杂程度有很大差别。蛋白质的一级结构包含的信息更为丰富，因为更多的氨基酸排列组合会产生更复杂的序列，这些序列决定了蛋白质后续高级结构的形成和其生物学功能。而多肽的一级结构相对简单，其携带的信息也相对有限。

二级结构上，多肽和蛋白质都可能存在α - 螺旋、β - 折叠、β - 转角和无规卷曲等结构形式。不过，蛋白质由于氨基酸数量多，能够形成更稳定、更复杂的二级结构组合。例如，一个大型蛋白质可能包含多个α - 螺旋和β - 折叠区域，并且这些区域之间的相互作用更为精细。多肽由于氨基酸数量少，其二级结构可能相对单一，稳定性也可能较差。

三级结构方面，蛋白质具有特定的三维空间结构，是在二级结构基础上进一步盘绕、折叠形成的。蛋白质依靠各种非共价键如氢键、离子键、疏水键以及二硫键等维持其稳定的三级结构。而多肽由于氨基酸数量有限，可能无法形成完整、稳定的三级结构，即使有一定的空间构象，也不如蛋白质的三级结构那样复杂和稳定。

四级结构是由多个亚基组成的蛋白质所特有的结构层次。只有当蛋白质由两个或两个以上具有独立三级结构的亚基通过非共价键相互结合时，才会形成四级结构。而多肽一般不存在四级结构，因为其本身结构相对简单，不具备形成多个亚基并相互结合的条件。

综上所述，多肽和蛋白质在结构上存在显著差异，这些差异也决定了它们在生物学功能上的不同。