始基囊肿是一种常见的牙源性颌骨囊肿，它的发生与特定的牙发育时期密切相关。要明确始基囊肿发生于何时期，需要先了解牙胚发育的过程。

在牙胚发育过程中，在牙釉质和牙本质形成之前，造釉器的星网状层会发生变性、液化，从而出现液体并蓄积其中，进而形成囊肿。这个阶段一般是在牙发育的早期，即牙釉质和牙本质开始形成之前的牙蕾期和帽状期之后的钟状期的特定阶段。

具体来说，当造釉器发育到钟状期时，此时牙胚正处于活跃的发育状态。如果在这个时期，造釉器的星网状层由于某些原因，比如局部的炎症刺激、遗传因素或者其他未知的因素影响，导致星网状层的细胞发生变性和液化。随着液体的不断积聚，就会逐渐形成一个充满液体的囊腔，也就是始基囊肿。

从时间维度来看，这个时期通常是在胚胎发育后期到出生后的一段时间内。因为牙胚的发育是一个连续的过程，从胚胎时期开始，在胎儿发育过程中牙胚逐渐形成并经历不同的阶段。而始基囊肿的发生就可能在这个牙胚发育的关键时期出现异常而引发。

始基囊肿一般没有牙齿形成，这也从侧面反映了它发生在牙釉质和牙本质形成之前。如果囊肿发生的时间更晚，已经到了牙硬组织开始形成之后，就可能会出现含牙囊肿等其他类型的牙源性囊肿。

综上所述，始基囊肿发生于牙发育早期，在牙釉质和牙本质形成之前的钟状期特定阶段，时间大致在胚胎发育后期到出生后的一段时间内。准确了解始基囊肿的发生时期，对于其诊断、治疗和预防都具有重要的临床意义。