微生物自动化检测原理主要基于多种技术和方法，旨在快速、准确地对微生物进行检测和鉴定。

光学检测原理是其中重要的一类。比色法是利用微生物在代谢过程中会使培养基的颜色发生变化这一特性。例如，微生物分解底物产生特定的代谢产物，这些产物与特定的指示剂发生反应，从而导致颜色改变。通过检测颜色变化的程度和速度，就可以判断微生物的生长情况和种类。浊度法是基于微生物生长会使培养液的浊度增加。随着微生物数量的增多，培养液中的细菌等微生物会散射光线，使透过培养液的光强度发生变化。仪器通过检测光强度的改变，实时监测微生物的生长动态，进而推算出微生物的数量。

免疫学检测原理也广泛应用于微生物自动化检测。抗原 - 抗体反应具有高度的特异性，利用这一特性，将已知的抗体固定在检测芯片或其他载体上，当样本中存在相应的微生物抗原时，就会与抗体结合形成抗原 - 抗体复合物。然后通过检测复合物的存在与否及数量，来确定微生物的种类和含量。常用的检测方法有酶联免疫吸附测定（ELISA）等，它通过酶催化底物显色，根据颜色深浅来判断抗原的量。

分子生物学检测原理是利用核酸的特性进行检测。聚合酶链反应（PCR）技术是其中的核心。PCR 可以特异性地扩增微生物的特定核酸片段。在自动化检测中，仪器能够精确控制反应的温度和时间，使核酸在特定的引物引导下进行扩增。扩增后的核酸片段可以通过荧光定量等方法进行检测和分析，从而准确地鉴定微生物的种类，还能对其进行定量。此外，基因芯片技术可以同时检测多种微生物的核酸，通过将大量的核酸探针固定在芯片上，与样本中的核酸进行杂交，根据杂交信号的强弱和位置，快速、高效地检测和鉴定多种微生物。

微生物自动化检测综合运用了光学、免疫学和分子生物学等多种原理，大大提高了检测的效率和准确性，为临床诊断和疾病治疗提供了有力的支持。