肺炎链球菌的鉴别诊断需要综合多方面方法进行判断，以下为详细介绍。

首先是形态与染色特征方面。肺炎链球菌为革兰阳性球菌，呈矛头状，成双排列，宽端相对，尖端向外。在痰、脓汁等标本中可见单个或短链状排列。无鞭毛，无芽胞，在机体内或含血清的培养基中能形成荚膜。通过显微镜观察细菌形态，可作出初步的鉴别判断，但仅依靠形态不能确诊，因为其他一些革兰阳性球菌在形态上可能有相似之处。

其次是培养特性。肺炎链球菌营养要求较高，在含血液或血清的培养基中才能生长，最适温度为37℃，最适pH为7.4 - 7.8。在血琼脂平板上，形成灰白色、圆形、光滑、扁平的菌落，周围有草绿色溶血环，与甲型溶血性链球菌相似。不过，肺炎链球菌在液体培养基中呈均匀混浊生长，培养时间稍长可因产生自溶酶而使培养液变澄清，管底沉淀。

再者是生化反应。肺炎链球菌能分解葡萄糖、麦芽糖、乳糖、蔗糖等，产酸不产气。胆汁溶菌试验阳性，这是鉴别肺炎链球菌与甲型溶血性链球菌的重要试验，因为肺炎链球菌可被胆汁或胆盐溶解。Optochin敏感试验也可用于鉴别，肺炎链球菌对Optochin敏感，而甲型溶血性链球菌耐药。

另外，荚膜肿胀试验可用于快速检测肺炎链球菌荚膜抗原，若出现荚膜肿胀现象则为阳性，有助于诊断。动物实验方面，将肺炎链球菌注入小鼠腹腔，小鼠一般在12 - 36小时内死亡，取心血或腹腔液涂片染色镜检，可发现大量有荚膜的肺炎链球菌。

在临床诊断中，还需要结合患者的临床表现，如高热、咳嗽、咳脓血痰、胸痛等典型的肺炎症状，以及影像学检查如胸部X线或CT显示肺部炎症浸润等结果，综合判断是否为肺炎链球菌感染。通过以上多方面的鉴别诊断方法，可以较为准确地对肺炎链球菌进行诊断和鉴别。