消毒灭菌在微生物检验以及众多领域都有着至关重要的作用，其常用方法主要分为物理方法和化学方法两大类。

物理消毒灭菌法包含热力灭菌法、辐射杀菌法、滤过除菌法等。热力灭菌法是利用高温使微生物的蛋白质和核酸等重要生物大分子发生变性、凝固，从而导致微生物死亡。它又可细分为干热灭菌和湿热灭菌。干热灭菌如焚烧，适用于废弃的被病原微生物污染的物品，像实验动物的尸体等；烧灼则常用于接种环、试管口等的灭菌。干烤一般在干烤箱中进行，适用于玻璃器皿、瓷器等的灭菌。湿热灭菌法包括巴氏消毒法，常用于牛奶、酒类等的消毒，既能杀死其中的病原菌，又能保持食品的营养和风味；煮沸法，在日常生活中较为常见，将水煮沸 100℃，5 - 10 分钟可杀死细菌繁殖体，常用于餐具等的消毒；流通蒸汽消毒法，利用 100℃左右的水蒸气进行消毒；间歇蒸汽灭菌法，适用于一些不耐高温的含糖、牛奶等培养基的灭菌；高压蒸汽灭菌法是最有效的灭菌方法之一，在高压蒸汽灭菌器中，通常在 103.4kPa（1.05kg/cm²）蒸汽压下，温度达到 121.3℃，维持 15 - 20 分钟，可杀灭包括芽孢在内的所有微生物，广泛应用于手术器械、培养基等的灭菌。

辐射杀菌法中，紫外线杀菌的原理是使细菌 DNA 链上相邻的嘧啶碱基形成嘧啶二聚体，从而干扰 DNA 复制，导致细菌死亡或变异，但紫外线的穿透能力较弱，一般用于空气、手术室、传染病房等的消毒。电离辐射如 X 射线、γ射线等，具有较高的能量和穿透力，可用于一次性医用塑料制品的消毒。滤过除菌法是用物理阻留的方法将液体或空气中的细菌除去，以达到无菌目的，常用于一些不耐高温灭菌的血清、毒素、抗生素等的除菌。

化学消毒灭菌法是利用化学药物来杀灭或抑制微生物的生长繁殖。根据其杀菌能力可分为高效、中效和低效消毒剂。高效消毒剂能杀灭包括芽孢在内的所有微生物，如过氧乙酸，具有强氧化作用，对细菌繁殖体、芽孢、真菌、病毒等都