安徽中医学院与外国高校合作广泛，安徽中医学院与外国高校合作如美国、澳大利亚等16个国家和地区的30多个医疗和教育机构建立了友好合作关系。1995年，学校获准招收国外留学生，2001年，安徽中医学院与外国高校合作开始招收硕士学位国外留学生。2002—2009年共选拔了百余名学生赴日本、韩国、瑞典留学就业。