治疗后应复查幽门螺杆菌是否已被根除，复查一般在治疗结束至少4周后进行。可采用非侵入性的C13呼气试验，也可通过胃镜在检查溃疡是否愈合的同时取活检做尿素酶及(或)组织学检查。对未排除恶性溃疡或有并发症的溃疡应常规进行胃镜复查。经过有效的治疗，十二指肠溃疡的症状可以得明显缓解，其并发症发生也大大减少，因此十二指肠溃疡的预后相对较好。对于溃疡的复发可能是很多人关心的问题，可以从三个方面加以控制，即根除幽门螺杆菌治疗、停用NSAIDs药物及除去其他危险因素、低剂量PPI维持治疗。