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本病预后与发病年龄、免疫状况及有无并发症有关。婴儿，尤其是小于3个月的婴儿病情比较重，常可危及生命，病死率可达40%。并发百日咳脑病及支气管肺炎者预后较差。近年来由于诊断及治疗的改善，我国百日咳病死率已下降到0.5%左右。
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