阴阳学说的基本关系主要包括阴阳对立制约、阴阳互根互用、阴阳消长平衡和阴阳相互转化四个方面。

阴阳对立制约，指属性相反的阴阳双方在一个统一体中的相互斗争、相互制约和相互排斥。自然界中，四季的寒暑交替就是阴阳对立制约的体现，夏季阳气盛，冬季阴气盛，二者相互对立制约，使得气候不会一直炎热或寒冷。在人体生理功能中，兴奋与抑制这两种状态也是相互对立制约的，保持着相对的平衡。

阴阳互根互用，即阴阳双方具有相互依存、互为根本的关系，任何一方都不能脱离另一方而单独存在。同时，阴阳双方又相互资生、促进和助长。比如人体的物质与功能之间，物质属阴，功能属阳，物质是功能的基础，功能是物质运动的结果，二者相互依存、相互为用。

阴阳消长平衡，是指阴阳双方不是静止不变的，而是处于不断的运动变化之中，在一定限度、一定时间内维持着相对的平衡。阴阳消长有两种形式，一种是此消彼长，如白天阳气渐盛，阴气渐消；夜晚阴气渐盛，阳气渐消。另一种是此长彼亦长，此消彼亦消，例如人体在生长发育过程中，随着阳气的不断增长，阴精也会相应地不断充实。

阴阳相互转化，是指在一定条件下，阴阳双方可以向其相反的方向转化，即阴可以转化为阳，阳可以转化为阴。比如在疾病发展过程中，一些急性热病，由于热毒极重，大量耗伤机体正气，在持续高热的情况下，可突然出现体温下降、四肢厥冷、脉微欲绝等阴寒危象，这就是由阳证转化为阴证的表现。

阴阳学说的这些基本关系相互联系、相互影响，共同阐释了自然界和人体的各种现象和变化规律，是中医理论体系的重要组成部分。