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黄酮类化合物多为结晶性固体，少数（如黄酮苷类）为无定形粉末。除二氢黄酮、黄烷醇等游离的苷元母核有旋光性外，其余则无光学活性。苷类由于在结构中引入糖的分子，故均有旋光性，且多为左旋。黄酮类化合物的颜色与分子中是否存在交叉共轭体系及助色团（OH、OCH3等）的种类、数目以及取代位置有关。

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