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抗原性物质进入机体后激发免疫细胞活化，分化和效应过程称之为免疫应答（immuneresponse）。但对这一过程的认识是随着免疫学的发展逐步深化和建立较为完整的概念。在免疫学发展的早期，人们发现抗原性物质进入体内后可在血液中检测出抗体，而对抗原是不产生应答的，其指导学说为侧链学说和指令学说。

进入近代免疫学时期，已知淋巴细胞可能是抗体产生细胞，但尚无直接证明，实验认为抗原只对抗体产生细胞起选择激发作用，并且认为抗体只是由单一淋巴细胞克隆完成的，彼此无关联。在这一时期已证明除存在体液免疫外，还存在有细胞免疫。对“自己”抗原提出了自身耐受的概念，在打破自身耐受的条件下可以发生自身免疫现象，并证明在自身免疫性疾病患者血清中有自身抗体存在。这一时期的指导学说是由Burnet提出的细胞系或克隆选择学说。

进入现代免疫学时期，已证明在高等动物和人体内存在有结构复杂的免疫系统，是由免疫器官、免疫细胞和免疫分子组成的。同时也证明了免疫应答是由多细胞系完成的。并认为它们之间存在着相互协同的和相互制约的关系，在正常免疫生理条件下，它们处于动态平衡，借以维持机体的免疫稳定状态。抗原进入可激发免疫系统打破了这种平衡，从而诱发了免疫应答，再建立新的平衡状态。在此时期还证明了自身耐受是由多种机制形成的，存在着生理性“自身识别”与病理性“自身识别”。其指导学说是由Jerne提出的免疫网络学说。