卵巢囊肿会引起育龄妇女的早期流产。若在妊娠3个月内发现患有卵巢囊肿，进行处理时容易引起流产，如果妊娠期间发现患有双侧卵巢囊肿，在手术处理中若触动子宫，则可引起流产，妊娠28周以后发现患有卵巢囊肿者，手术中极易引起早产，如大妊娠末期发现患有卵巢囊肿，则妨碍分娩，引起尿潴留或阻塞性难产。卵巢囊肿的蒂扭转，破裂或疑为恶性，不论在妊娠的任何时期均应尽速治疗。否则会产生严重后果。

卵巢囊肿会引起育龄妇女的不孕，且原因是多方面的。首先造成输卵管机械性阻塞，影响卵巢的排卵功能，影响患者营养，如双侧卵巢癌使卵巢的大部分组织破坏，不孕的发生率较高，又如手术中卵巢的切除，单侧或双侧输卵管卵巢切除，发生于近经期或绝经期妇女单侧或双侧卵巢囊肿进行的附件及全子宫切除均可引起育龄妇女的不孕症。