蛋白质的三级结构是指整条多肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置，也就是整条多肽链所有原子在三维空间的排布位置，具有以下特点：

从作用力角度来看，维持蛋白质三级结构的作用力主要是次级键，包括氢键、离子键（盐键）、疏水键和范德华力等，其中疏水键在维持三级结构的稳定性上起着最为重要的作用。这些非共价键使得蛋白质能够折叠成特定的空间结构。此外，在某些蛋白质中还存在二硫键，它可以进一步稳定蛋白质的三级结构。

从结构层次角度来说，它是在二级结构的基础上进一步盘绕、折叠形成的。蛋白质的二级结构如α -螺旋、β -折叠、β -转角和无规卷曲等元件相互组合，通过不同的方式进一步折叠，形成了更为复杂的三维结构。

从结构表现角度，蛋白质具有明显的结构域。结构域是在较大的球状蛋白质分子中，多肽链的二级结构和超二级结构进一步聚集和折叠形成的相对独立的紧密球状实体。结构域是蛋白质三级结构的独立折叠单位，不同的结构域可以具有不同的功能，如结合配体、催化反应等。

从表面特征角度，蛋白质表面具有特定的氨基酸分布。在水溶性球状蛋白质中，极性氨基酸残基通常位于分子表面，与周围的水分子相互作用，使蛋白质具有良好的水溶性；而非极性氨基酸残基则大多埋藏在分子内部，形成疏水核心，有利于维持蛋白质结构的稳定性。

从功能角度，蛋白质的三级结构与其功能密切相关。特定的三级结构赋予了蛋白质特定的功能，一旦蛋白质的三级结构被破坏，其功能也会随之丧失。例如，酶的活性中心通常是由三级结构形成的特定区域，只有在正确的三级结构下，酶才能与底物特异性结合并发挥催化作用。