牙周脓肿并非独立的疾病，而是牙周炎发展到晚期，出现深牙周袋后的一个常见的伴发症状。其病因主要有以下几个方面。

深牙周袋内壁的化脓性炎症向深部结缔组织扩展，而脓液不能向袋内排出时，即形成袋壁软组织内的脓肿。当复杂型深牙周袋迂回曲折，涉及多个牙面，脓性渗出物不能顺利引流，特别是累及根分叉区时，就容易形成牙周脓肿。这是因为复杂的袋型使得脓液排出的通道受阻，积聚在袋壁内，压力不断升高，最终形成脓肿。

另外，洁治或刮治时，动作粗暴，将牙石碎片推入牙周袋深部组织，或损伤牙龈组织，也可能引起牙周脓肿。这是由于外界的物理刺激破坏了牙周组织的正常结构和防御机制，导致细菌感染和炎症反应加剧，进而引发脓肿。

牙髓治疗过程中根管侧穿、牙根纵裂等情况，也会引起牙周组织的炎症和脓肿。根管侧穿会使根管内的细菌和感染物质进入牙周组织，引发炎症；牙根纵裂则破坏了牙根周围的支持组织，导致牙周膜的损伤和感染，从而形成脓肿。

还有，当机体抵抗力下降时，如患有糖尿病、艾滋病等全身性疾病，或者长期使用免疫抑制剂等药物，会使身体的免疫系统功能减弱，无法有效地抵御细菌的侵袭。原本处于相对稳定状态的牙周炎症就可能急性发作，形成牙周脓肿。

总之，牙周脓肿的病因是多方面的，涉及牙周袋的结构、治疗操作、牙髓病变以及全身健康状况等多个因素。了解这些病因，有助于我们采取有效的预防和治疗措施，减少牙周脓肿的发生。