蛋白质合成起始因子在蛋白质合成的起始阶段起着至关重要的作用，不同生物体内的起始因子有所不同，下面主要介绍原核生物和真核生物的蛋白质合成起始因子。

原核生物的蛋白质合成起始因子有IF - 1、IF - 2和IF - 3。IF - 1的功能主要是协助IF - 2和IF - 3的活性，它可以结合到核糖体的A位，防止氨基酰 - tRNA过早地结合到A位，从而保证起始过程的正确进行。IF - 2具有高度的专一性，它能够特异识别并结合起始氨基酰 - tRNA（fMet - tRNAfMet），并将其带入到核糖体的P位。同时，IF - 2还具有GTP酶活性，当起始复合物形成后，它会水解GTP，促使自身从核糖体上释放。IF - 3有两个主要功能，一是结合到小亚基上，促进大、小亚基的解离，使小亚基能够与mRNA和起始氨基酰 - tRNA结合；二是可以提高小亚基对起始密码子的识别能力，保证翻译从正确的起始位点开始。

真核生物的蛋白质合成起始因子种类较多，目前已发现至少有10种，用eIF表示。eIF - 2的作用与原核生物的IF - 2类似，它能结合起始氨基酰 - tRNA（Met - tRNAMet），并在GTP的参与下将其转运到核糖体小亚基上。eIF - 3和eIF - 4C有助于核糖体大、小亚基的解离，为起始复合物的形成创造条件。eIF - 4F是一个复合物，由eIF - 4E、eIF - 4G和eIF - 4A组成，其中eIF - 4E能识别mRNA的5′ - 帽子结构，eIF - 4G可与eIF - 3和poly（A）结合蛋白相互作用，eIF - 4A具有RNA解旋酶活性，能解开mRNA的二级结构，便于核糖体的结合和移动。eIF - 6也参与核糖体大、小亚基的解离过程。这些起始因子相互协作，确保真核生物蛋白质合成能够准确、高效地起始。