慢性牙周炎的治疗程序通常分为四个阶段，下面为你详细介绍。

第一阶段是基础治疗，这是治疗慢性牙周炎的第一步。医生会进行口腔卫生指导，教导患者正确的刷牙方法、使用牙线和牙缝刷等，以控制牙菌斑。还会进行龈上洁治术和龈下刮治术，去除牙齿表面和牙龈下方的牙石和菌斑。对于有咬合创伤的牙齿，会进行咬合调整，以减轻牙齿的负担。此外，对于一些炎症较重的患者，可能会配合使用抗菌药物来辅助控制炎症。

第二阶段是牙周手术治疗。如果基础治疗后，牙周袋仍较深、炎症未能得到有效控制，或者存在牙龈形态异常、骨缺损等情况，就需要进行手术治疗。常见的手术包括牙周翻瓣术、植骨术、引导性组织再生术等。这些手术的目的是彻底清除感染组织，修复骨缺损，改善牙龈和牙周组织的形态和功能。

第三阶段是修复和正畸治疗。在牙周炎症得到控制、病情稳定后，可以进行缺失牙的修复，如镶牙或种植牙。对于存在牙齿排列不齐的患者，还可以进行正畸治疗，以改善咬合关系，有利于牙周组织的长期健康。

第四阶段是维护期治疗。这是一个长期的过程，患者需要定期进行复查和维护。一般每3 - 6个月复查一次，医生会检查患者的口腔卫生情况、牙周组织的健康状况，并根据情况进行必要的治疗和指导。患者自己也需要保持良好的口腔卫生习惯，坚持每天正确刷牙、使用牙线等，以防止牙周炎的复发。

总之，慢性牙周炎的治疗是一个系统的过程，需要患者和医生密切配合，按照治疗程序逐步进行，才能取得良好的治疗效果，维护牙周组织的健康。