无菌术对手术器械的处理至关重要，关乎手术的成功与患者的安全，主要从以下几个方面进行处理：

首先是清洁，这是处理手术器械的基础步骤。手术结束后，应立即将器械放入含有合适清洁剂的温水中，初步去除血迹、组织碎片等污染物。对于一些管腔类器械，需使用专用的刷子进行内部刷洗，确保无残留。之后用流动水彻底冲洗，去除清洁剂和松动的杂质。

接着是消毒，常用的消毒方法有多种。化学消毒剂浸泡是一种常见方式，如使用戊二醛、过氧乙酸等。将清洁后的器械完全浸没在消毒剂中，按照规定的时间和浓度进行处理，但要注意消毒剂对器械可能有一定的腐蚀性。热力消毒也是重要手段，例如煮沸消毒，把器械放入水中煮沸15 - 20分钟，可杀灭一般细菌。对于耐高温的金属器械，还可采用干热灭菌法，在烤箱中以160 - 180℃的温度维持2 - 3小时。

最后是灭菌，这是保证器械无菌的关键。压力蒸汽灭菌是目前最常用且可靠的灭菌方法，它利用高温高压的蒸汽在短时间内有效杀灭包括芽孢在内的所有微生物。将器械包装好后放入压力蒸汽灭菌器中，按照特定的程序进行操作。对于一些不耐高温的器械，如电子仪器等，可采用环氧乙烷气体灭菌，但该方法操作要求严格，且环氧乙烷有一定毒性，使用时需注意安全。

处理后的手术器械应妥善保存，存放在清洁、干燥、通风良好的环境中，最好采用密封包装，以防止再次污染。同时，要定期对保存的器械进行检查和维护，确保其随时处于可用的无菌状态。